El monestir de Sant Joan les Fonts es remunta als voltants de l'any 958 i fou dedicat a Sant Joan Baptista.Aquest monestir ha passat per diverses mans al llarg dels anys. Del segle XI al XV, depengué de Sant Víctor de Marsella. A partir d'aquí va passar a formar part del domini del monestir de Sant Pere de Besalú fins al 1592, moment en què passà a ser de Sant Pere de Camprodon fins al segle XIX. Durant els terratrèmols del segle XV es malmeteren el claustre i les antigues construccions del complex monacal que, amb el temps, s'acabaren enderrocant. L'església del monestir és d'estil romànic amb planta basilical, de forma rectangular, composta per tres naus, una de central i dues de laterals. Destaca el gran absis i dues absidioles a cada costat de l'absis central, una de les quals es va perdre el segle XVIII.De l'interior destaca la decoració dels capitells, la pica baptismal del segle XII i les diferents obres d'art exposades a les naus laterals, entre les quals hi ha una rèplica de la Majestat de Sant Joan les Fonts.L'any 1982 va ser declarat Bé Cultural d'Interès Nacional per la Generalitat de Catalunya.